מסחר בשוק ההון עשוי להיראות אטרקטיבי ליצירת רווחים אך כדאי מאוד לעשות זאת בשיקול דעת, תוך שימוש במערכת מסחר שתאפשר שימוש בטכנולוגיה לצורך ניהול יעיל של המסחר בזמן אמת והשגת תשואות בתיק ההשקעות. החל משנת 2003, רווחים מפעילות בשוק ההון חייבים בתשלום מס הכנסה. בימים בהם שער המט"ח נמצא בשפל, השקעות בשוק ההון צוברות הפסדים מירידת ערך של המט"ח בו נקוב נייר הערך ועולות סוגיות מס בנושא קיזוז הפסדי הון.
יחיד שפעילותו בשוק ההון מגיעה לכדי פעילות בעלת מאפיינים עסקיים ( מבחנים כפי שנקבעו בפסיקה), יסווג ויירשם כ"עסק" לעניין פקודת מס הכנסה והכנסותיו תתחייבנה במס הכנסה בהתאם להוראות הפקודה ואף יידרש בתשלום ביטוח לאומי על הכנסותיו העסקיות. כמו כן לעניין חוק מע"מ, מי שפעילותו בשוק ההון מגיעה לכדי פעילות בעלת מאפיינים עסקיים, יסווג ויירשם כ"מוסד כספי" והכנסותיו תתחייבנה במע"מ בהתאם להוראות סעיף 4 לחוק מע"מ. סיווג הכנסתו של נישום, אם כהכנסה מ"עסק" או שמא כהכנסה הונית, יהיה תלוי בסיכומו של עניין בנסיבות הספציפיות של אופי הפעילות (פעילות בשוק ההון שאינה בעלת מאפיינים עסקיים, לא תחויב במס ערך מוסף).
גביית המס מבוצעת בדרך של ניכוי מס במקור על ידי המערכת הפיננסית (בנקים וחברי בורסה פרטיים). ניכוי המס מתבצע ברמת פיקדון ולא ברמת נישום, ולכן גם פיקדון משותף נחשב לבעלות אחת לעניין ניכוי מס במקור. הכנסות מריבית, דמי ניכיון, דיבידנד ורווח הון חייבות במס. רווח הון אינפלציוני – פטור ממס. שיעורי המס שינוכו במקור ליחיד תושב ישראל (שאינו בעל שליטה ואינו תובע בניכוי הוצאות ריבית) הנם בדרך כלל: אם מדובר בהכנסות מניירות ערך צמודים, אזי רווח ההון הראלי, הכנסות מריבית, דמי ניכיון ודיבידנד -ימוסו בשיעור 25%. רווח הון נומינלי, הכנסות ריבית ודמי ניכיון מניירות ערך לא צמודים (נייר ערך שערכו הנקוב או סכומו אינו צמוד במלואו למדד או למט"ח) – ימוסו בשיעור 15%.
שיעורי המס שינוכו במקור לתאגיד תושב ישראל אשר לא יתקבל עבורו פטור מניכוי מס במקור משלטונות המס: רווח הון, ריבית ודמי ניכיון – מס חברות. הכנסות מדיבידנד- אם התקבלו מחברה תושבת ישראל – פטור, אם התקבלו מחברה תושבת חוץ – מס חברות. שיעור מס החברות לשנת 2020- 23%.
כמו כן, ניתן אף לקזז הפסדים מניירות ערך כנגד רווחים מניירות ערך אחרים וזאת לצורך הקטנת חבות המס (ראו להלן), זכרו – כל עוד אין מימוש (מכירה) של נייר הערך אין "אירוע מס".